承擔昆明關區的法定檢驗檢疫業務與檢驗檢疫風險分析任務，為海關執法把關提供技術支撐和保障。負責對隸屬海關技術中心提供業務指導及技術咨詢。承擔有關科研課題，檢驗檢疫技術方法研究、開發，標準制定、修訂工作。按照有關規定，提供社會委托檢驗和鑒定。承接隸屬海關委托檢測工作。提供檢驗檢疫技術咨詢、培訓與服務，開展國內外檢驗檢疫相關技術交流。負責自身組織建設和隊伍建設，承擔聘用制員工及勞務派遣員工的招錄用、解聘、日常管理考核等工作。負責對昆明關區檢疫處理工作進行技術培訓和業務指導，負責開展檢疫處理技術創新和科研工作，開展檢疫處理、衛生處理、除害處理及消毒處理等業務。