庫車縣第二人民醫院又名庫車縣傳染病醫院，位于庫車縣英阿瓦提南路001號，占地面積51500㎡，建筑面積27257㎡，其中綠地占48%。始建于2003年非典時期，在縣委、政府正確領導下，在上級衛生行政主管部門的大力支持下，全院職工同心協力，著力提高醫療質量、改進服務流程，內部管理逐步規范，行風建設進一步加強，各項工作取得了較好成績。醫院從無到有，從小到大，如今已發展成為集醫療、護理、教學、科研、預防保健為一體的阿克蘇地區東四縣傳染病防治中心。目前該院已成為全新疆19所傳染病醫院中運行良好的醫院之一，同時，開創了以傳染病為專科特色，內兒、婦外科、眼科、中醫科、體檢中心齊頭并進的二級綜合性醫院。