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醫院擁有20個國家臨床重點專科：骨科、藥劑科（臨床藥學）、病理科、專科護理、檢驗科、消化科、婦科、產科、職業病科、耳鼻喉科、心血管分子生物學與調節肽重點實驗室、呼吸內科、神經內科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康復醫學科、成形科（整形外科）、運動醫學科。婦產科為國家婦產疾病臨床醫學研究中心，產科、康復醫學科為國家產科專業、國家康復醫學醫療質量管理和控制中心。
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北京大學第三醫院（簡稱“北醫三院”）建于1958年，國家衛生健康委委管醫院，集醫療、教學、科研、預防保健、康復與健康管理為一體的綜合性三甲醫院。目前，在崗職工6226人。截至2020年9月，醫院平均開放床位數2264張。醫院設有37個臨床科室，10個醫技科室。有34個博士點、1個臨床博士后流動站。在崗博士生導師70人，中國科學院院士1人、中國工程院院士2人，科技部創新領軍人才青年領軍1人，國家自然科學基金杰出青年基金獲得者5人、科技部“973”首席科學家1人、3人入選國家級“新世紀百千萬人才工程”，國家自然科學基金優秀青年科學基金獲得者5人，衛生部突出貢獻專家10人。北醫三院脊柱外科是國內最強的學科，生殖醫學中心的治療方法最全面、規模是國際最大之一，中國大陸首例...
