亳州市衛生局衛生監督所是市衛生局行使衛生監督執法職能的執行機構。其主要職能是在亳州市衛生局的領導下和省衛生監督執行機構的指導下，依法在公共衛生、醫療保健領域，包括健康相關產品、衛生機構（醫療、預防、保健和采供血機構等）和衛生專業人員執業許可等，開展綜合性衛生監督執法工作。

履行下列主要職責：

（一）負責實施擬定全市衛生監督計劃并組織實施，對縣區級衛生監督執法工作進行業務指導；對全市重大案件進行調查并提出處理意見；直接負責建城區域內的衛生監督執法工作。

（二）負責轄區內各類衛生許可和執業許可的申請受理、初審、上報和批準后證書發放工作。

（三）組織衛生監督執法檢查，定期上報抽查結果。

（四）協助衛生行政部門定期向社會通報衛生監督結果。

（五）對衛生污染、中毒事故等重大、突發事件進行調查取證，采取必要的控制措施，提出處理意見。

（六）組織現場監督檢測、采樣工作。

（七）負責衛生監督信息的收集、整理、分析和報告。

（八）負責對衛生監督員法律知識和業務的培訓。

（九）負責對衛生監督執法的投訴、舉報的受理和查處工作。

(十)開展衛生法律法規知識的宣傳教育和咨詢。

（十一）對新建、改建、擴建工程項目的選址、設計進行衛生審查和竣工驗收。

（十二）承擔市衛生局交付的其他任務。