1986年，在巴川鎮衛生院基礎上成立銅梁縣中醫院。1992年提出創建“二級甲等”中醫院的目標，1996年12月20日，縣中醫院通過了國家中醫醫院分組管理委員會專家組的評審，成為重慶市首批“二級甲等”中醫院。

2002年，縣中醫院開始創建全國“十五”重點中西醫結合骨傷科建設項目，于2006年10月29日通過國家中醫藥管理局專家組的評審驗收，成為全國唯一一家通過國家級重點專科建設任務評審驗收的縣級中醫院。

2003年，縣中醫院在西南地區縣級中醫院中，率先導入ISO9000質量管理體系，2004年7月一次性通過評審認證，獲得由中質協質量保證中心頒發的質量管理體系認證證書。該管理體系的導入，理順了行政、人事、醫療、設備、藥品等方面的管理秩序，使醫院走上了科學化、制度化的管理軌道。

2006年，縣中醫院利用奧地利政府貸款，購置了17臺（套）先進醫療設備，總價值近2000萬元人民幣。目前，醫院擁有GE1.5T超導核磁共振成像系統（MR），16層計算機斷層X線掃描裝置（CT），德國西門子多功能數字減影血管造影X線機（DSA）、數字化X線攝影系統（DR）、彩色多普勒超聲診斷儀、全自動生化分析儀等先進診療設備，整體醫療設備水平在縣內乃至周邊區縣醫院中處于領先地位，為疑難病癥的診療提供了強大支持。一些先進的醫療技術逐漸開展起來，如冠狀動脈造影及支架內置術等。目前，在部分新技術中，不少項目處于縣內乃至周邊區縣醫院領先地位。

2010年，縣中醫強院提出創建三級綜合性中醫院目標任務。2013年12月通過國家中醫藥管理局中醫醫院評審專家組驗收，我院成功創建為國家三級甲等中醫醫院。