昆明市疾病預防控制中心于2002年1月23日成立，由原昆明市衛生防疫站、昆明市皮膚病防治院、昆明市結核病防治所合并組建昆明市疾病預防控制中心，同時加掛“昆明市衛生檢驗中心”的牌子。2017年5月5日，昆編復[2017]23號《昆明市機構編制委員會關于調整昆明市疾病預防控制中心機構編制有關事項的批復》文件，將昆明市健康教育所整合并入昆明市疾病預防控制中心。調整組建后，昆明市疾病預防控制中心（加掛昆明市衛生檢驗中心、昆明市健康教育所牌子）為昆明市衛生健康委員會管理的公益一類事業單位，機構規格正縣級。

昆明市衛生檢驗中心（以下簡稱中心）承擔昆明市疾病類、病原學監測及食品安全風險、飲用水、從業人員健康體檢、消毒效果監測、醫院監測、工作場所有毒有害物質、放射防護、公共場所環境質量、病媒防治、突發公共衛生事件等方面的監測檢驗工作，涉及監測檢測科室10個。現通過國家實驗室認可項目25類220個參數，通過省級檢驗檢測機構資質認定項目14類750個參數。

中心現擁有9項資質：實驗室認可證書、檢驗檢測機構資質認定證書、職業病診斷機構批準證書、職業健康檢查機構批準證書、放射衛生技術服務資質、艾滋病中心實驗室、艾滋病確證實驗室、艾滋病篩查實驗室、（昆明）國家流感網絡實驗室。

中心不斷充實檢驗人員技術力量，中心現有檢測人員114人，平均年齡39歲，正高7人、副高12人、中職42人、初職及以下53人；碩士48人、大學55人、大專5人、中專5人、高中及以下1人。現有市級衛生科技人才培養十百千工程“十工程”培養人1人，“百工程”培養人4人，“千工程”培養人6人，技術中心1個；第十七批昆明市中青年學術和技術帶頭的及后備人1人；“春城計劃”春城名醫1人。

疾病項目檢測能力是疾病預防控制工作的保障，目前中心開展的疾病類檢測項目主要有：新冠檢測（核酸、抗體）、結核分枝桿菌、霍亂弧菌、傷寒/副傷寒沙門氏菌、炭疽芽胞桿菌、變形桿菌、麻疹病毒、風疹病毒、手足口病毒、流感/人禽流感、SARS病毒、MERS病毒、寨卡病毒、諾如病毒、乙腦病毒、黃熱病病毒、HIV抗體初篩/確證檢測、CD4+淋巴細胞檢測、梅毒血清學、鼠疫菌、登革熱病毒抗體、血吸蟲卵、肺吸蟲、絲蟲、蛔蟲、鞭蟲、華枝睪吸蟲卵等疾病及寄生蟲檢測。

中心秉承“質量第一、依法公正、科學求真、服務優質”的質量方針，以“創建一個高水平、高質量，為社會提供優質高效服務的檢測實驗室，達到國內同類實驗室先進水平”為質量目標，充分利用現有技術和設備優勢，在衛生檢測和疾病監測技術領域，廣泛開展衛生檢測和疾病監測相關的研究，在保證已有項目檢測質量的基礎上，積極研討，開發社會需求的檢測新技術、新方法，為全市人民健康服務，為全市社會發展和經濟建設服務。