新疆克州人民醫院始建于1954年7月，前身為阿圖什衛生院，經過60余年的艱苦奮斗，已發展成為一所學科配套、設備完善、技術力量雄厚，集醫療、教學、科研、預防、保健、康復、急救、養老于一體的現代化三級甲等綜合醫院。2019年，醫院建成“南京醫科大學附屬醫院”，為醫院發展揭開了新篇章。2020年獲批國家級胸痛中心并掛牌、獲批國家級住院醫師規范化培訓基地，獲批自治區首批互聯網醫院和自治區工業和信息化廳5G+醫療健康應用試點項目。是南京醫科大學附屬醫院和江蘇省醫療人才“組團式”援疆（克州）的唯一受援醫院。 

醫院占地面積153畝，業務用房13萬余平方米，分帕米爾路院區和友誼路院區；定編床位1500張，實際開放床位1800張，擁有各種先進的醫療設備近千臺（件）。 

自2016年開始，按照中組部的統一部署，江蘇省實施“組團式”醫療援疆模式，截至2020年，已從4所大學、9家省屬三級甲等醫院共選派近百名醫療骨干“組團式”援助克州人民醫院。江蘇“組團式”援疆開展以來，每年投入專項資金不少于2000萬元用于克州人民醫院發展建設。在江蘇“組團式”援疆醫療團隊幫扶下，醫院明確目標、整合資源、提升學科建設水平，構筑核心競爭力，打造健康管理中心；緊抓一帶一路機遇創建中吉國際醫療聯合體；建成克州醫養結合健康扶貧養老中心和柯爾克孜民族醫藥研究院。以“院包科”和“師帶徒”的形式重點支援醫院20多個專科；與近200名當地醫務人員結成師徒對子；2020年，在做好疫情防控工作的同時，持續推進五大中心建設，在第三批“組團式”援疆醫療團隊幫扶下，緊抓機遇，先后成立“勵建安院士工作站”“阮長耿院士工作站”；充分運用5G網絡，建成南疆首批互聯網醫院，開展心明眼亮工程，掛號在克州、看病在江蘇，掛號在克州、B超在江蘇等醫療惠民項目；打造融健康管理、預防保健等公共衛生于一身的健康服務共同體（“健共體”），構筑了優質高效的整合型醫療健康服務體系，全力改善醫療服務；緊緊圍繞自治區黨委“1+3+3+改革開放”總體部署，深化完成“訪惠聚”“1+2+5”目標任務；一系列舉措讓醫院在規模建設、醫療技術、服務、科研教學等方面有了質的提升、量的擴展，為打造“業務精湛、服務周到、管理科學、環境溫馨”的區域醫療服務中心而不懈努力，為全州各族人民的身體健康保駕護航。

近年來，在“組團式”援疆的幫扶下，先后獲得國家級保障醫療安全示范單位、國家愛嬰醫院、國家級胸痛中心、“第四批次中國房顫中心建設單位”、國家級住院醫師規范化培訓基地、改善醫療服務示范醫院榮譽稱號、高級卒中中心建設單位、自治區衛生系統先進集體、自治區民族團結先進集體、自治區扶殘助殘先進集體、自治區模范職工之家、全國有影響力的志愿服務組織、中國宮頸癌防治工程定點醫院、自治區青年文明號、自治區級先進女職工委員會等榮譽。