2000年10月，省政府批準組建江蘇省疾病預防控制中心，是直屬省衛健委的公益性事業單位，2002年3月來，增掛省衛生檢測檢驗中心、省公共衛生研究院?，F有江蘇路172號、邁皋橋122號兩處辦公區，下設部門（室、科、所）33個中業務科所20個、職能科所13個，編制695人，在職在編508人，碩士研究生以上學歷231人，高級技術職務249人，其中國務院特殊津貼2人，國家有突出貢獻中青年專家2人，省有突出貢獻中青年專家3人，省“333工程”人才17人。建有江蘇省國家突發急性傳染病防控隊、國家核和輻射突發事件衛生應急隊?，F有“十三五”科教強衛工程創新平臺1個，重點學科1個，創新團隊2個，重點人才3人；主持國家級、省部級課題167項中科技部國家重大專項1項，科技部863計劃1項，國家自然科學基金30項；獲各級各類科技獎148項；承擔或參研國家標準125項，發表論文4220篇，累計SCI收錄論文664篇中新英格蘭6篇、柳葉刀11篇，擁有軟件著作權81項、發明專利40項，實用新型專利40項，外觀設計3項，貢獻“強富美高”新江蘇建設大局。

中心堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，在省委省政府和省衛生健康委領導下，積極倡導“團結、奮進、求實、創新”疾控精神，履行疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置等職能，有效應對“非典”、新冠肺炎疫情，馳援5.12汶川特大地震抗震救災工作，處置9.14湯山投毒、嬰幼兒毒奶粉、地溝油、小龍蝦事件，援助非洲塞拉利昂抗擊埃搏拉疫情，對口支援西藏拉薩、新疆伊犁和克州，保障北京奧運、上海世博會，高質量推進建設具有國際影響力的現代化疾控中心，服務“健康江蘇”，獲中央文明委“全國文明單位”，衛生部等部委“抗震救災醫藥衛生先進集體”，人社部等部委“埃搏拉出血熱疫情防控先進集體”，國家衛生健康委“全國疾病預防控制工作先進集體”，原國家衛生計生委、中華全國總工會“全國衛生應急技能競賽團體一等獎”，中華全國總工會“全國五一勞動獎狀”等國家級、省部級表彰近200項。