張家港市疾病預防控制中心于2002年1月8日成立，另對外掛牌張家港市衛生檢測中心。是集突發公共衛生事件應急處置、疾病預防與控制、健康危害因素監測控制等職能為一體的綜合性疾病預防控制機構。中心現有正式職工101名，其中衛技人員81名，占職工總數的80％，高級衛技人員11名，中級28名，占衛技人員總數的48%，形成了較為合理的專業技術人員隊伍結構。2003年新建疾控衛生檢測大樓，建筑面積達7500平方米。實驗室建有整體萬級的凈化實驗室和艾滋病初篩實驗室等，配置了全自動生化分析儀、高效液相色譜儀、氣相色譜儀、離子色譜儀等一批精密儀器設備。

2004－2005年先后引進了衛生檢測、從業人員體檢、職業健康監護、收費、辦公自動化等應用軟件操作系統，實施計算機信息化管理。按照GB/T15481－2000，CNAL/AC05，CNAL/AC06的要求，建立了新型質量體系，2004年9月取得了中國實驗室國家認可（CNAL）證書（NO.L1654），認可項目有食品及食品包裝材料、水質、公共場所、職業衛生、化妝品、消毒殺蟲等7大類149項。