中心主要職責為傳染病、地方病和寄生蟲病、慢性非傳染性疾病、預防控制；突發公共衛生事件應急處置；疫情及健康相關因素信息管理；健康危害因素監測與控制；職業病、放射、環境危害因素控制，食品安全和食源性疾病預防控制，營養監測與營養改善，學生常見病控制；微生物和寄生蟲病學檢測、理化檢測、毒理檢測與評價等實驗室檢測檢驗與評價；技術管理與應用研究指導等。

中心設有科室20個。位于市區工農南路的南通市疾控中心大樓于2008年1月投入使用，主體11層，占地總面積9268平方米，建筑總面積19009平米（實驗室6114平米）。中心所屬開發區分中心在市開發區異地辦公，占地4239平米，建筑面積3741平米。

中心人員編制328人，在編職工總數252人，專技人員239人，副高以上技術職稱83人，碩士研究生以上學歷93人，博士2人。現有江蘇省突出貢獻中青年專家1人，江蘇省“333高層次人才”培養對象1人，南通市“226高層次人才培養工程”2人,市級重點醫學人才4人，市級青年醫學重點人才4人；市級重點學科2個，創新團隊2個。近年來，中心獲市（廳）級科技進步獎27個，獲省、市衛生健康（衛生計生）新技術引進獎23個。中心是蘭州大學、南京醫科大學、南通大學教學科研實踐基地，是南通大學公共衛生碩士專業學位研究生聯合培養基地。近年來，中心不斷致力于加強自身建設，以“強內涵、提能力”為主線，按照“補短板、強弱項、增后勁、促升級”要求，努力將單位建設成“教學型、技術型、研究型”地市級疾控中心，建設成為“具有較高水平的疾病預防控制中心”、“健康南通建設指導中心”、“基本公共衛生服務指導中心”、“公共衛生檢驗檢測中心”，加快推進健康南通建設。積極思考后新冠肺炎疫情時期的疾控體系建設，力爭以更好的工作成效回答好新時代“南通發展四問”。