1、綜合辦公室：負責人事、職改、工資、統計、計劃生育、圖書管理、紅會、紀檢監察等工作。負責檔案、文件收發、來信來訪處理、文印、車輛管理、來客接待、愛衛、政務公開、機關內務管理及值班人員安排等工作；負責突發公共衛生事件應急管理；負責物資、藥械采購，中心庫房、水電房屋維修、基建、食堂等，并協助中心主任組織、協調全中心工作。

2、財務科：負責中心財經預決算，財務運行，財務統計報表及分析，物價管理，科室成本和獎金核算，財務稽查，所有票證。

3、公共衛生監測科：負責全市食品衛生、公共場所衛生、飲用水衛生、化妝品衛生的監測(含各類樣品采樣)、樣品接送與登記、檢驗結果評價報告等工作，基層體檢督查及健康證簽發，配合衛生監督所做好轄區內食物中毒的調查處理。

4、職業危害因素控制科：負責全市職業衛生、放射衛生監測和廠礦內部食堂衛生監測以及室內空氣危害因素的檢測等。

5、急性傳染病防治和免疫規劃科：負責全市傳染病防治、計劃免疫、疾病監測、公共衛生應急辦的管理與信息反饋和城區各單位的預防接種等工作。

6、地方病慢性病防治科：負責“結核病控制項目”、KSCDC項目的實施，地方病、慢性病防治，狂犬、肝炎專科門診的管理以及社區慢性非傳染性疾病防治工作。

7、學校衛生與消殺滅科：負責全市學生常見病、多發病的防治及學校內日常性衛生監測，市直中學、城區中小學、職校的預防接種，牽頭組織有關科室對校內、幼兒園傳染病暴發流行和食物中毒的處理，負責全市消毒、殺蟲、滅鼠的組織和管理，托幼機構消毒質量、一次性衛生用品、涉水產品和消毒劑的監測，建筑工地衛生監測管理。

8、檢驗科：負責中心衛生檢驗、外單位送檢、碘鹽、尿碘監測、瘧疾病人血檢、腹瀉病人標本檢驗、二號病疫源檢索、艾滋病初篩、醫療器械檢測以及市直醫療單位器械采樣工作。

9、性病艾滋病防治科：負責全市皮膚病、麻風病、性病、艾滋病防治工作。

10、健教培訓質控科：負責疾控中心質量控制，全市健康教育和衛技培訓工作。

11、預防性健康體檢科：負責全市預防性健康體檢的組織發動、體檢和簽發健康證工作。