前身是1960年4月組建的甘孜州衛生防疫站，2003年疾控體制改革時組建為甘孜藏族自治州疾病預防控制中心。中心是從事疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的公益一類事業單位，主要承擔轄區內疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與控制、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術指導與應用研究7大職能25個類別255項具體工作任務。半個世紀以來，中心認真貫徹“預防為主”的衛生工作方針，在各級黨政和衛生行政主管部門正確領導和關心支持下，歷經疾控人員的艱辛創業，勵精圖治、銳意改革、求實奮進、開拓創新，創建了康巴疾控事業的光輝業績，走過了康巴疾控事業從無到有、從小到大并逐步發展壯大的光輝歷程，為保障群眾身體健康和生命安全做出了積極貢獻。

　　中心現有職工69人，其中專業技術人員57人，高級職稱6人。

　　中心下設辦公室、疾控一科、疾控二科、疾控三科、疾控四科、衛生科、檢驗科、質控科七科一室，及工青婦群團組織，是一個藏、漢、回等多民族組成的大家族。

　　經幾代疾控人的努力，全州傳染病總發病率有了大幅度下降，建立了從縣到州到省直至國家衛生部的傳染病疫情與突發公共衛生事件報告網絡系統和各種疾病專報網絡系統，傳染病監測工作得到了進一步加強。通過持續落實防控措施，鼠疫、包蟲病重大傳染病防治工作取得顯著成效;通過強力推進全州預防接種規范化、精細化管理工作，疫苗針對傳染病發病率大幅度下降;全面推行結核病“三位一體”新型防治服務體系，強化病人管理，肺結核發病率呈現下降趨勢;建立艾滋病“三線一網底”管理機制，防治工作有力推進;持續開展大骨節病、碘缺乏病、地氟病等防控工作，地方病防治工作成效顯著。先后榮獲國家、省、州授予的“先進集體”、“先進科研集體”等榮譽稱號、表彰獎勵70余次，科研成果獎20多項。涌現出一批全國、省、州先進個人、先進工作者和有突出貢獻的專家。

　　(一)傳染病總發病率穩中有降。進一步健全完善了疫情報告網絡和預警預測制度，傳染病監測、報告靈敏度日益提高，報告管理工作質量得到了提高。近年來，隨著包蟲病、結核病、艾滋病等重大疾病防控項目大力推進，全州落實綜合防控、強化監測、狠抓質量，在切實加大傳染病發現和報告力度的情況下，傳染病總發病率仍然呈現出穩中有降的趨勢。

　　(二)免疫規劃取得階段性成效。實現了消滅天花、消滅脊髓灰質炎目標。1995年以來未報告脊灰病例，約保護30萬兒童免于發病、死亡或殘疾。近年來，全州高度重視接種安全，強力推進精細管理，切實加強督促指導，對保護兒童健康，減輕家庭和社會負擔、促進社會穩定和經濟繁榮起到了重要作用。

　　(三)重大傳染病防治成效顯著。

　　鼠疫防治：多次成功舉辦全省鼠疫現場培訓和人間鼠疫應急處置演練，得到國家、省專家高度評價，成為四川省鼠疫應急演練的典范和模板。2016年，鼠疫防治甲級重點專科通過省級驗收評審并授牌，標志著我州鼠疫防治走在全省前列。

　　結核病防治：全面推行結核病控制策略，健全、完善了結核病防治服務體系，防治工作取得了積極成效。

　　包蟲病防治：掌握了全州流行情況，總結多年有益防治經驗，編制了《甘孜藏族自治州包蟲病綜合防治工程規劃》，為推進甘孜州、四川省乃至國家包蟲病防治工作進程提供了參考和借鑒，防治效果初步顯現。

　　艾滋病防治：目前疫情在全省處于低流行區。

　　乙肝防治：2002年乙肝疫苗納入計劃免疫以來，約保護20萬人免于發病，避免直接經濟損失約20億元。乙肝疫苗預防接種取得明顯效果。

　　(四)健康危害因素監測再上臺階。近年來，州疾控中心努力克服人員量少質弱、設備陳舊老化等重重困難，從無到有，著力完善健康危害因素監測體系，通過計量認證檢測項目250項、食品檢驗機構認證項目158項，建立和完善了全州食品與飲水監測體系，實現了職業衛生與放射監測零突破，在環境衛生、學校衛生、食品衛生服務等方面再上新臺階，提高了全州健康危害因素監測水平。

　　(五)突發公共衛生事件大幅下降。“十二五”期間，我州突發公共衛生事件報告數較“十一五”期間下降了80%以上。