五月十三日衛生院院址遷移到南門里城隍廟廣徐家院（現軍分區南院）。一九五一年成立濟北縣人民政府，同時衛生院院址遷移至濟寧二十里鋪鎮，建立濟北縣二十里鋪醫院。一九五三年成立濟寧縣人民政府醫院改名為濟寧縣二十里鋪醫院。一九六二年縣市合并，醫院改名為濟寧市立第二人民醫院，一九六四年縣市分開，恢復濟寧縣二十里鋪醫院院名。一九六九年十二月份醫院從二十里鋪搬遷到市醫(二十里鋪醫院出20余人，現附院出病床30張)即原地醫療養院，院址為濟寧市紅星東路，院名為濟寧縣六二六衛生防治院，一九七O年十二月份，經縣政府批準改名為濟寧縣人民醫院。一九八三年十月份，地改市后醫院收回大市所管，改名為濟寧市第三人民醫院，一九八七年七月份醫院改名為濟寧市第二人民醫院。一九八九年五月，醫院經市政府編委明確為副縣級衛生事業單位。一九九O年五月，根據市政府決定，濟寧市第二人民醫院由市衛生局負責業務、財政管理，由任城區政府負責人事、黨群事務管理。一九九四年醫院以全市很高分順利通過驗收，跨入全國二級甲等醫院行列。一九九四年經市衛生局批準，濟寧市創傷治療中心在醫院正式成立。國家衛生部陳敏章部長了解到市二院的輝煌成績后，欣然揮筆為醫院題詞：“發揚成績，再攀高峰”。二OO九年經市衛生局批準濟寧市骨科醫院為醫院第二名稱。二O一O年九月任城區政府與山東大學齊魯醫院合作辦醫在市二院成立山東大學齊魯醫院濟寧分院。

近年來，醫院發展進入快車道，整體面貌發生了翻天覆地的變化。醫院占地面積2.2萬平方米，醫療用房建筑面積5.2萬平方米，開放床位650張，設有39個臨床醫技科室，在職職工700余人，其中衛生技術人員490人，高級職稱120人，一批經驗豐富專家及中青年技術骨干已經形成了一支醫德高尚、醫術精湛的醫療隊伍。醫院在創傷綜合治療方面積累了豐富的臨床經驗，尤其是骨外科、手足外科、胸部微創治療等專業在魯西南有較大影響，是濟寧市的知名學科，“看骨科到二院”已在廣大群眾中廣為流傳。

2009年3月啟用的新外科大樓功能齊全、設施優等，建筑面積為2.3萬平方米，配有中央空調、中心供氧、中心吸引、護士呼叫、空氣凈化、消防自動報警、自動噴淋和智能化自動控制等系統，手術室、重癥監護室設施配備均達到國內先進水平，體現了以人為本的設計理念，能充分滿足患者的診療需求。醫院裝備有GE磁共振、螺旋CT、GMM數字胃腸X光機、愛克發X光數字成像系統、西門子數字減影X光機、史賽克胸腔鏡、腹腔鏡、施樂輝關節鏡、富士能電子胃鏡、東芝數字彩色多普勒超聲診斷儀、Drager呼吸機、紐邦呼吸機、人工腎機、萊卡手術顯微鏡、大型全自動生化分析儀等具有世界先進水平的醫療設備。

在“仁愛、敬業、嚴謹、創新”醫院精神的鼓舞下，開拓創新，奮發圖強，先后被評為“全國百姓放心示范醫院”、“山東省消費者滿意單位”、“山東十大百姓放心品牌醫院”、“濟寧市文明單位”、“市衛生系統職業道德建設先進單位”、“新型農村合作醫療先進單位”、“慈善愛心單位”等榮譽稱號。

醫院學科體系完善，專業設置齊全，并形成了省、市、院三級重點學科群和一批特色專科。皮膚科是四川省甲級重點專科、濟寧市衛生局重點學科，燒傷科是濟寧市衛生局重點學科，肝膽胰外科是濟寧市衛生局重點學科（建設項目），放射介入是濟寧市衛生局重點學科（建設項目），心血管內科、醫學影像科、神經外科為院級重點學科。有臨床碩士培養點8個。

全院職工繼承“勤慎服務，品德為先”的百年優良傳統,以科學發展觀為指導，不斷提高團隊素質、醫療服務質量和教學科研學術水平，推動醫院發展，努力按濟寧市衛生發展規劃，建設現代化高水平城中醫療中心。