海口市衛生防疫站創建于1952年，是由政府舉辦的實施疾病預防與公共衛生技術管理和服務的副處級公益一類事業單位，隸屬海口市衛生局。 2005年更名為“海口市疾病預防控制中心”。2008年機構改革，衛生監督執法職能及部分人員劃入衛生監督局。2016年實施“大疾控”機構調整，原市職業病防治所和市結核病防治所并入市疾控中心，人員編制 158 名；市健康教育所從市疾控中心剝離單獨設置，為隸屬海口市疾病預防控制中心的正科級公益一類事業單位，編制 12 名；原海口市皮膚性病防治中心及瓊山皮膚性病防治所合并為海口市皮膚性病和精神病防治所，隸屬關系由市衛生局調整為市疾病預防控制中心，編制為 55 名。

中心工作場所分為新址和舊址兩部分，新址位于瓊山區椰海大道20號，舊址位于龍華區東湖路1號。中心新址項目為海口市政府“十一?五”重點項目之一，總投資1.45億，占地面積30畝，總建筑面積27803.5㎡，由辦公樓、實驗樓、待命樓和職工食堂四部分組成。

 一、主要職能

（一）完成國家、省下達的重大疾病預防控制的指令性任務，實施疾病預防控制規劃、方案，組織開展本地疾病暴發調查處理和報告；負責轄區內預防性生物制品管理，組織、實施預防接種工作。

（二）調查突發公共衛生事件的危險因素，實施控制措

施。

（三）開展常見病原微生物檢驗檢測和常見毒物、污染物的檢驗鑒定工作。

（四）開展疾病、食品安全和環境衛生等領域健康危害因素監測，管理轄區疫情及相關公共衛生信息。

（五）承擔衛生行政部門委托的與衛生監督執法相關的檢驗檢測任務。

（六）組織開展健康教育與健康促進。

（七）負責對下級疾病預防控制機構的業務指導、人員培訓和業務考核；指導轄區內醫療衛生機構傳染病防治工作。

（八）承擔上級主管部門交辦的其他工作。