復旦大學附屬上海市第五人民醫院為三級乙等綜合性醫院，創立于1904年，前身為英國人建造的“西人隔離醫院”，院址舊稱靶子路41號（現武進路85號）。1939年由日本同仁會接辦，改稱“同仁會醫院”。1945年收歸國有，定名為“上海市市立第五醫院”，新中國成立后，命名為“上海市第五人民醫院”。我國一代名醫張滌生、李寶實、張錫澤、彭友珍、陶灤、應元岳、馬永江等均曾在醫院工作過。1960年2月，為配合閔行工業基地的建設，醫院整體遷址于閔行鶴慶路801號。1961年原上海第一醫學院（現復旦大學上海醫學院）正式將醫院作為臨床教學基地。醫院一度又稱“上海市閔行區中心醫院”、“上海市工農醫院”。1984年11月，醫院恢復使用“上海市第五人民醫院”院名。1989年，經上海市教委、上海市衛生局和上海醫科大學再次認定為原上海醫科大學教學醫院。

　　1998年9月，閔行區人民政府和原上海醫科大學正式簽訂區校共建協議，2004年10月，在醫院建院100周年之際，經上海市衛生局和上海市教委考核后批準，正式成為復旦大學附屬醫院，同時簽訂第二輪區校共建協議。

　　2010年9月21日，閔行區人民政府與復旦大學舉行第三輪合作共建上海市第五人民醫院簽約儀式。新一輪共建的目標是：通過整合復旦大學醫學學科人才、科研優勢，著重打造醫院重點學科，提升科研水平和建設醫學高級人才隊伍，把醫院建成“服務一流、技術先進、三級水準”的區域醫療中心，帶動閔行區醫療衛生事業整體快速發展，不斷滿足居民多層次多樣化的醫療衛生服務需求。2010年12月31日，醫院通過三級乙等綜合性醫院評審。

　　2014年5月9日，閔行區人民政府與復旦大學正式簽訂“共建醫教研協同型健康服務體系”合作協議。以此為契機，醫院借力復旦系統優質醫療資源，不斷加強自身內涵建設。2015年復旦大學兒科醫聯體工作正式啟動。從“軟合作”到“硬合作”，從原有單一合作模式轉變為醫、教、研全面深化合作，提升醫院兒科學科整體水平。簽約復旦大學婦產科醫聯體，并積極籌備和推動相關工作開展。

　　目前，醫院核定床位630張，實際開放床位750張，年門急診量超200萬人次，住院病人超3萬人次，住院手術近1.7萬人次，設有37個臨床醫技科室。泌尿外科和神經內科通過上海市醫學重點專科終期考核，泌尿外科、內分泌科入圍新一輪建設計劃。第三批上海市中醫臨床優勢專科——中醫科（肺病科）和上海市中西醫結合重點病種建設項目——腎內科（糖尿病腎病）繼續在建中，等待驗收。新一輪的閔行區特色專科內分泌科、神經外科、婦產科、普外科（結直腸肛門科）已完成年度考核。神經外科在垂體瘤的綜合診治及腦血管疾病介入治療等方面學科特色鮮明。

　　結合醫院發展規劃，中醫科重點加強優勢專科（專病）建設，并有效建立與其他臨床科室的業務合作機制。2003年建成上海市衛生局中醫藥科研實驗室：臨床藥理一級實驗室。2011年，醫院成為國家中醫藥管理局第三批中醫藥防治傳染病臨床基地建設單位。2012年中醫肺病通過評審，成為上海市中醫臨床優勢專科。2012年醫院成功創建全國綜合性醫院中醫藥工作示范單位，中醫科被列為上海市中醫優勢學科。

　　在復旦大學及其多家附屬醫院的大力支持下，2007年復旦大學血液病中心落戶五院，依托該中心，復旦大學血液病實驗室于次年建成。血液病中心在中國工程院陸道培院士的領銜下，形成以干細胞移植和血液病腫瘤治療為特色的專科優勢。血液病學目前是復旦大學內科學（血液病學）碩士學位點之一，并且該學科為上海市住院醫師規范化培訓基地。

　　為搭建科研平臺，2005年開始，醫院分期投資數百萬元建立了中心實驗室，并將醫院原先建成并已運行的臨床藥理實驗室、泌尿外科實驗室、血液實驗室進行資源整合，充分發揮作用。為進一步做好區域內慢性病的防治，使得科研與臨床并舉，在此基礎上，于2009年揭牌建成“閔行區慢病管理與科研平臺”。

　　目前該平臺依托中心實驗室運行，建立了以信息化為依托的三級醫院與閔行區疾控中心及社區衛生服務中心聯動的慢性病管理新模式，為實現慢性病早期干預提供技術支撐體系。在閔行區政府和區衛生計生委的支持下，醫院率先揭牌成為“閔行區醫學科研平臺”、“閔行區醫學科技孵化基地”。繼續做好閔行區江川社區（包括滄源社區、東風社區、鶴北社區、紅旗社區等）60歲以上老年人骨質疏松流行病學調查和樣品采集，為下一步全面開展閔行區骨質疏松癥防治工作奠定基礎。支持社區醫療服務和慢病防治工作，實現區內醫療衛生資源縱向整合，充分發揮區域醫療中心的作用。

　　2013年3月我院接受國家食品藥品監督管理局藥品認證管理中心組織的藥物臨床試驗機構資格認定復核檢查及現場檢查。腎病學、泌尿外科和神經內科3個復核專業組通過國家藥物臨床試驗機構資格認定復核檢查。醫院目前共有泌尿外科、腎病學、神經內科、呼吸內科、麻醉科、婦產科、內分泌、神經外科、傳染（肝病）九個專業獲得國家藥物臨床試驗機構資格認定。2012年檢驗科通過ISO15189實驗室認可工作評審專家組的現場認證并獲ISO15189實驗室資質證書。

　　2004年起，我院開始獨立招收培養復旦大學臨床醫學碩士、博士研究生。醫院承擔復旦大學上海醫學院、上海中醫藥大學、上海東海職業技術學院、上海健康職業技術學院、上海歐華職業技術學院、皖南醫學院、蚌埠醫學院等高等院校臨床教學與實習任務。醫院為復旦大學博士后流動站，復旦大學博士點4個、復旦大學碩士點10個、有復旦大學博士生導師4名，碩士生導師26名；皖南醫學院碩士點3個，導師5名；8個上海市住院醫師規范化培訓基地（全科醫學、外科、醫學影像、內科、婦產科、急診科、康復醫學科、麻醉科）。

　　根據《中共中央關于全面深化改革若干重大問題的決定》關于“深化基層醫療衛生機構綜合改革，健全網絡化城鄉基層醫療衛生服務運行機制”的要求，在閔行區衛生計生委的領導下，深化與社區衛生服務中心的協作，加強區域醫療聯合體建設。我院安排醫生定期下基層，在社區衛生服務中心開展醫療、教學等工作，進一步完善社區衛生雙向轉診、會診中心、預約掛號等服務。

　　通過信息化技術，促進區域公共衛生服務資源整合，目前已建成PACS會診中心、心電圖會診中心和超聲會診中心，可開展遠程會診、遠程查房和遠程醫學教育。加快醫院電子病歷系統建設，逐步實現電子病歷與居民電子健康檔案的有效銜接。

　　堅持援建共建工作，2010年我院派出首批援疆醫療隊，今年7月第三批援疆隊員啟程。2013年上海第二輪對口支援云南省縣級醫院工作啟動，我院對口支援嵩明縣人民醫院，為期三年。

　　2005年10月，為保障配合上海市2010年世界博覽會建設，使市區動遷到浦江世博家園的居民能得到及時的、良好的醫療衛生服務，根據市、區各級領導的指示，醫院在世博家園設立門診部。為保障門診部的醫療質量，醫院在醫務人員非常緊張的情況下，抽調出醫務、護理、檢驗、醫技等部門骨干到世博家園門診部開展工作，目前年門診量超27萬人次。

　　門診部的醫務人員本著“盡我們所能，一切為病人著想”的宗旨，全心全意為世博家園的病人服務，除坐堂門診，還主動提供出診和上門服務，優質醫療服務和低廉服務費用得到世博家園百姓的充分肯定。