自治區疾控中心于2002年5月經自治區編委批準，是由原自治區地方病防治研究所、衛生防疫站、結核病防治研究所三家正縣（處）級單位合并組建的全額撥款事業單位（屬公益一類），隸屬自治區衛生健康委。根據自治區三定方案，中心現承擔組織實施自治區重大疾病預防控制策略與措施，提供公共衛生監測與信息服務，確定重大公共衛生問題，調查處理重大疫情、群體性不明原因疾病和突發公共衛生事件，開展預防醫學領域相關研究工作，開展實驗動物研究及質量檢測工作六項工作職能。是全區疾病預防控制業務指導中心、預防醫學研究中心、科研培訓中心和信息管理中心。中心成立了徐建國-高福雙院士工作站和自治區博士后管理工作站，分別在阿克蘇、和田、克州設立了工作站。