河南省疾病預防控制中心前身為省衛生防疫站，成立于1953年。2003年11月，經省機構編制委員會批準，撤并省衛生防疫站、省結核病防治研究所組建成立省疾病預防控制中心，核定編制470人，規格副廳級，經費實行全額預算管理。2006年2月，中心整體搬遷到鄭州東新區。中心占地80畝，總建筑面積34190平方米。其中，擁有生物實驗室8427平方米;毒理實驗室3853平方米;理化實驗室5025平方米。

　　2017年編制調整為454人，現有在職職工357人。其中專業技術人員296人，碩士105人，博士15人。衛生專業高級職稱人員96人，其中二級正高3人。目前，中心擁有全國勞動模范2人，享受國務院特殊津貼11人，省五一勞動獎章2人，省管優秀專家6人，跨世紀學術和技術帶頭人10人，全國性專業學術團體兼任職的有20余人。

　　中心設立9個業務所(中心)、6個職能處室、7個直屬科室。擁有各類儀器設備總價值1.56億元，達到國內一流水平。通過國家認可委的認可和衛生部的計量認證，認證認可項目達976項，被商務部第一批授予“定點食品安全檢測機構”， 2014年獲國家食品藥品監督管理局“保健食品注冊檢驗機構”資質認可，被國家衛計委授予“國家食品安全風險監測河南中心”。目前已經獲5項國家檢測檢驗認可資質。

　　建成國家病原菌識別網區域中心實驗室、國家級艾滋病確證實驗室、WHO考核合格的脊髓灰質炎實驗室和麻疹實驗室、與美國NIH聯合建立了結核病研究實驗室。建有我省唯一的生物安全三級實驗室、省A級SPF動物實驗室、菌(毒)種保藏中心和淮河流域癌癥綜合防治項目實驗室。

　　中心擁有河南省重點實驗室：傳染病病原生物重點實驗室;發改委傳染病分子醫學河南省工程實驗室;省醫學重點學科3個;省醫學重點實驗室2個;獲河南省科技廳批準成立了“河南省腸道傳染病預防控制院士工作站”“新發傳染病預防控制科技創新型團隊”“艾滋病與結核病等重大傳染病綜合防治研究團隊”，獲省人力資源和社會保障廳博士后研發基地。中心現承擔一批國家、省部級重大科技攻關項目和國際項目。先后獲得國家級重大科研成果8項，省部級科技進步獎100余項。“消滅絲蟲病研究”“新布尼亞病毒發現及其致發熱伴血小板綜合征預防控制”分別獲河南省科技進步一等獎，填補了我省醫藥衛生類省科技進步一等獎的空白。目前與WHO、聯合國兒童基金會、美國、法國、日本等20多個國際組織、國外機構和學術團體建立了合作關系。

　　2011年以來，中心已經連續3屆蟬聯“全國文明單位”稱號。2017年，在國家衛計委開展的省疾控中心規范化建設評比中，中心在全國排第八名。先后被人社部授予“抗震救災英雄集體”、被衛生部授予“全國衛生系統抗震救災英雄集體”、被中組部授予“全國抗震救災先進基層黨組織”、被全國總工會授予“抗震救災重建家園‘工人先鋒號’”，多年來多次被國家衛生計生委授予“衛生應急先進集體”“全國疾病預防控制先進集體”等榮譽稱號。