福建省疾病預防控制中心成立于2003年7月，由原福建省衛生防疫站、原福建省結核病防治所、原福建省健康教育所和原福建省皮膚病防治院性病、麻風病防治部門合并組建，同時加掛“福建省健康教育促進中心”、“福建省衛生檢驗檢測中心”、“國家食品安全風險監測福建中心”三面牌子，是福建省衛生健康委員會直屬副廳級公益一類事業單位。主要職責是：疾病預防與控制；突發公共衛生事件應急處置；疫情報告及健康相關因素信息管理；健康危害因素監測與干預；實驗室檢測檢驗與評價；健康教育與健康促進；技術指導與應用研究。